Název vrcholu Komonec není s jistotou etymologicky doložen, ale existují dvě hlavní teorie – jedna pověst a jeden jazykový výklad:
Pověst o uprchlících z Komně: Nejčastěji tradovaná místní pověst říká, že kopec dostal jméno podle obyvatel z obce Komňa (u Bojkovic v Bílých Karpatech). Ti se údajně v dobách válečných nájezdů (pravděpodobně v 17. století při vpádech Kuruců nebo Turků) uchýlili do zdejších hlubokých lesů, kde hledali úkryt. Místo, kde se skrývali, se tak začalo nazývat podle jejich domoviny.
Jazyková souvislost se slovem „komoň“: Z jazykového hlediska je možná souvislost se staročeským slovem „komoň“, což byl knižní a archaický výraz pro koně. Název by tak mohl odkazovat k místu, kde se pásli koně, nebo k terénu, který byl dostupný pouze na koních. Tato verze je střízlivější, ale méně barvitá než pověst o uprchlících.
Zajímavostí je, že název blízké obce Komňa (odkud měli uprchlíci pocházet) se sama odvozuje od slova kamen (kamenná), což by teoreticky mohlo znamenat, že i Komonec mohl původně znamenat prostě "kamenitý vrch", ačkoliv dnes je zalesněný. Nejpopulárnější mezi místními však zůstává varianta s uprchlíky.